Je suppose que vous voulez dire que le régime est supérieur à 2k, s'il était supérieur à 20k je pense que vous obtiendriez un bruit différent du compartiment moteur.
D'après la description, on dirait que la synchro est endommagée, surtout si cela se produit quand on descend en 3ème. La montée ne devrait pas faire un si gros bruit, mais si la synchro est vraiment en train de s'arrêter (ce que votre description laisse entendre, étant donné qu'elle s'est détériorée avec le temps), vous aurez aussi le même bruit en montant les vitesses.
La seule façon de le réparer est de tirer sur la boîte de vitesses et de la remplacer par une boîte révisée ou de la démonter et de remplacer les synchros. Vous pouvez aussi espérer que vous n'avez pas endommagé/usé les engrenages eux-mêmes, ce qui rendra la réparation encore plus coûteuse. Comme vous pouvez probablement déjà le deviner, ce ne sera pas une réparation bon marché.
En attendant, je vous suggère de doubler l'embrayage et la correspondance de régime lors des rétrogradations (c'est-à-dire embrayage -> boîte au point mort -> blip throttle -> embrayage et passage en vitesse inférieure) et d'utiliser des passages plus lents en montée pour prolonger la durée de vie de la boîte de vitesse jusqu'à ce que vous puissiez la faire réparer. Il est inutile d'essayer de changer de vitesse aussi vite que possible (même sur une piste de course, le gain est minime) mais c'est très dur pour la boîte.